ניתוח: אופציה זו עשויה להיות אפשרית אם שיטות אחרות אינן מצליחות. במהלך הליך זה, הרופא מסיר את הציסטה ואת הגבעול המחבר אותה למפרק או לגיד. ניתוח לעיתים רחוקות פוגע בעצבים, בכלי דם או בגידים מסביב. הציסטה יכולה לחזור, גם לאחר הניתוח. אם אדם אינו חווה כאב, עליו פשוט להיות בטוח שהציסטה אינה סרטנית ולהמתין שהציסטה תיעלם מעצמה. [22] לפחות 33% חולפים ללא טיפול תוך שש שנים, ו-50% תוך 10 שנים. [22]

טיפול כירורגי נותר אפשרות הטיפול האלקטיבית העיקרית לציסטות גנגליון. האבולוציה של ניתוחי גנגליון ברחבי העולם היא שימוש בטכניקות ארתרוסקופיות או מיני-פתוחות. [23] לחלופין, ניתן להשתמש במחט תת-עורית כדי לנקז נוזלים מהציסטה (באמצעות שאיבה), וניתן להזריק קורטיקוסטרואיד לאחר ריקון הציסטה; [21] עם זאת, אם הנוזל מתעבה עם הזמן, טיפול זה אינו תמיד יעיל. [דרוש ציטוט] ישנו שיעור הישנות של כ-50% לאחר ניקוז מחט (בשאיבה) של ציסטות גנגליון.

ניתוח ציסטה גנגליונית הוא הליך פשוט. הרופא מעקר את האזור בו מתכוונים לנתח את ציסטת הגנגליונית. לאחר מכן, לפני ביצוע הניתוח, רופא מרדים משתמש בכלי חד כדי לחתוך חלק מהפצע על מנת להסיר את הציסטה. לאחר מכן הפצע נתפר.